Ichigo, Minto, Retasu, Purin ja Zakuro joutuvat eräänä päivänä maagisen säteen kohteeksi, ja kukin heistä saa jonkin uhanalaisen eläimen geenejä. Säteen takana on rikas lukiolaispoika Ryoo Shirogane sekä Keiichiro Akasaka, jotka palkkaavat Ichigon puolustamaan maapalloa. Aluksi Ichigo joutuu etsimään loput 4 Mewmewiä. Kahvila on myös heidän tukikohtansa. Heidän työnsä on taistella avaruusolioita ja chimera-hirviöitä (Chimera Animal) vastaan ja pelastaa maailma, minkä jälkeen he voivat muuttua omiksi itsekseen. He keräävät taistelujen välissä Mew Aquaksi kutsuttua ainetta, koska vaivaisela 1 -prosenttisella Mew Aqualla pystyy pelastamaan suuren määrän luontoa. Ichigon suurin ongelma on, ettei hän voi kertoa ihastukselleen Masayalle olevansa Mew Mew.